Zytoplasma Das Cytoplasma besteht aus dem Cytosol als der flüssigen Phase samt den darin gelösten Stoffen und Proteinen sowie dem festeren Cytoskelett. Im Cytoplasma liegen weiterhin verschiedene Organellen, die durch Membranen abgegrenzt sein können und gelegentlich dazugezählt werden. Bei eukaryotischen Zellen (Eucyten) wird der von Cytoplasma umgebene Zellkern (Nucleus) aber zumeist gesondert betrachtet und sein von der Kernmembran umschlossener Inhalt als Karyoplasma bezeichnet.

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Das Cytoplasma ist die Grundsubstanz der Zelle. Die gesamte Grundsubstanz zusammen mit den Zellorganellen wird als Protoplasma bezeichnet. Werden die Zellorganellen durch Zentrifugation entfernt, bezeichnet man das Produkt als Cytosol. Während das Cytoplasma an den Zellrändern viskoser ist und als Ektoplasma bezeichnet wird, ist es im Inneren flüssiger und nennt sich Endoplasma.

Undifferenziertere Plasmaeinlagerungen werden auch Paraplasma genannt.

Nach der Endosymbiontentheorie stammen eine Reihe von Organellen der Eucyten von Bakterien ab, die Plastiden (Chloroplasten, Leukoplasten, Rhodoplasten etc.) einerseits und die Mitochondrien, Hydrogenosomen und Mitosomen andererseits.

Das Innere (Plasma) dieser Organellen, oft Matrix genannt, leitet sich daher ab vom Stroma der bakteriellen Vorfahren, es ist zu diesem homolog.

Diese Organellen haben meist ihre eigene DNA, soweit sie nicht durch endosymbiotischen Gentransfer völlig auf den Zellkern übertragen wurde. Diese ist wie bei den Bakterien innerhalb der Stroma in einer Kernsphäre (Kernäquivalent, Nucleoid) verdichtet.

Innerhalb des Cytoplasmas laufen viele verschiedene chemische Stoffwechselprozesse der Zelle ab, die durch Enzyme gesteuert werden. Hier muss bei allen Zellen Energie für alle Prozesse bereitgestellt werden.

Hinzu kommen zellspezifische Aufgaben wie die Bildung von zusätzlichen Zellbestandteilen beim Wachstum, Abbau von unerwünschten und Aufbau von zu speichernden oder abzugebenden Substanzen sowie der Transport von Molekülen durch die Membranen und durch die Zelle.